Территория Советского Союза, захваченная немцами, подчинялась как военной (оперативная область), так и гражданской (области гражданского управления) администрации.
Особые права получили в первую очередь уполномоченный по четырехлетнему плану Герман Геринг (руководство экономикой в оккупированных областях осуществлялось «штабом по управлению экономикой Ост») и рейхсфюрер СС и начальник немецкой полиции Генрих Гиммлер (ответственный за «полицейское обеспечение»).
Кроме того Гиммлер, будучи рейхскомиссаром, выдвигал широкие требования по «укреплению германской народности». Службы СС и полиции не ограничивались выполнением своих непосредственных функций, их влияние на оккупированных территориях в ходе войны постоянно возрастало.
Во главе военной администрации стоял генеральный квартирмейстер верховного командования сухопутных войск (7-й отдел военной администрации). Начальники военной администрации при группах войск были одновременно командующими сухопутными войсками в тыловых областях, а при армиях были комендантами тыловых районов армий. Им были подчинены дивизии службы безопасности идругие воинские части, а также местные вспомогательные силы. К первичным органам военной администрации относились полевой комендант и начальникь гарнизона.
Общая ответственность за гражданское управление возлагалась на имперское министерство по делам оккупированных восточных областей под руководством Альфреда Розенберга, в то время как фактическая власть наместах находилась скорее в руках рейхскомиссаров. Управление всем гражданским населением было поручено «рейхскомиссариату Остланд» (Прибалтика и Белоруссия) под руководством Генриха Лозе. «Рейхскомиссариатом» Украины руководил Эрих Кох. Рейхскомиссариаты делились, в свою очередь, на генеральные и областные комиссариаты. В компетенцию учреждений по четырехлетнему плану, а также служб СС и полиции входили директивы рейхскомиссарам и подчиненным им органам.
Такое право имели также «командующие вермахта», назначаемые лично Гитлером. Они обладали особыми полномочиями в вопросах как военной экономики, так и военной безопасности на территории, подчиненной гражданскому ведомству. Отсутствие четкого разграничения соответствующих полномочий приводило к постоянным конфликтам между различными службами. Отдельные службы управлений весьма по-разному относились к местному населению и имели разное представление о будущем оккупированных областей.
Решения по проведению беспощадной политики, направленной на эксплуатацию и уничтожение местного населения, возлагались прежде всего на СС и полицию, но также и на штаб по управлению экономикой Ост, на отдельные отделы гражданской администрации и на вермахт. При этом оккупационные власти применяли дифференцированный подход к населению (не в последнюю очередь по критерию «расовой полноценности»), определенная часть привлекалась к сотрудничеству. Все это было направлено на достижение единственной цели установление на Востоке долговременного господства Германии.
Главными целями экономического управления было обеспечение потребностей войск и максимальное изъятие продовольствия и сырья для нужд военной экономики Германии. С провалом «блицкрига» в оккупированных областях пришлось также вводить в действие важные производства вооружений, чтобы покрыть непосредственные потребности вермахта, хотя была запланирована долгосрочная деиндустриализация страны.
Политическое и военное руководство «третьего рейха» рассматривало советских военнопленных не только как людей «неполноценной расы», но и как потенциальных врагов национал-социалистической Германии на оккупированной ею территории. Многие советские солдаты, среди них раненые, умирали уже на пути следования в сборные и пересыльные лагеря, а часть погибла при транспортировке в стационарные лагеря.
Соответствующие службы вермахта, ответственные за снабжение, слишком мало делали для того, чтобы дать военнопленным возможность выжить. Недостаточное количество помещений и ужасные условия в них, чрезвычайно плохое питание, скверное медицинское обслуживание вызвали осенью и зимой 1941/1942 гг. эпидемии сыпного тифа, что привело к непомерно высокой смертности среди военнопленных. Высокая смертность советских военнопленных была вызвана не только безответственными действиями соответствующих немецких служб, но и массовыми расстрелами. Уничтожались тяжелораненые солдаты, от которых вермахт хотел избавиться в первую очередь, а также военнопленные, политические убеждения или расовая принадлежность которых выделяли их из общей массы.
«Особое обращение» с военнопленными возлагалось вермахтом на оперкоманды полиции безопасности и СД. До февраля 1942 г. из примерно 3,3 млн. советских солдат, попавших в немецкий плен, около двух миллионов умерло от голода, холода, эпидемий или было расстреляно.
Весьма любопытна памятка для немецкого солдата по охране советских военнопленных: «Большевизм - смертельный враг национал-социалистской Германии. Впервые в этой войне перед немецким солдатом находится враг, обученный не только в военном, но и в политическом смысле, который видит в коммунизме свой идеал, а в национал-социализме - своего злейшего врага. В борьбе против национал-социализма используются все средства: партизанская война, бандитизм, саботаж, поджог, подрывная пропаганда, убийство. Советский солдат, даже попавший в плен, как бы безобидно он внешне не выглядел, будет пользоваться любой возможностью, чтобы выместить свою ненависть ко всему немецкому. Следует учитывать, что военнопленные получили соответствующие указания о поведении в плену. По отношению к ним нужно проявлять крайнюю бдительность, величайшую осторожность и острейшее недоверие