21 июня 1941 г. по приказу народного комиссара ВМФ Н. Г. Кузнецова командующий Краснознаменным Балтийским флотом В. Ф. Трибуц объявил боевую готовность. В 23 часа 37 минут 21 июня 1941 г. флот был готов немедленно отразить нападение противника.
В начале четвертого часа утра несколько наблюдателей на фортах и на кораблях одновременно увидели группу чужих самолетов. 12 “ юнкерсов ” низко шли к Котлину со стороны северного берега. Прекрасная видимость позволила обнаружить нарушителей воздушного пространства России на предельной дальности. На фортах Обручев и Первомайский, на линкоре “ Марат ” ударили зенитки.
После начала войны командование Балтийским флотом осуществило неотложные меры по укреплению крепости, особенно ее береговой обороны. С этой целью были развернуты три укрепленных сектора: Кронштадтский, Ижорский и Лужский. Первая линия обороны состояла из фортов “Первомайский” (“Тотлебен”),Красноармейский (“Обручев”) и “Комсомольский” (“Риф”). Артиллерия первой линии могла не только отражать наступление противника по льду залива или морской десант, но и обстреливать захваченную немецко-финскими войсками территорию Корельского перешейка на глубину до 20 км.
С 14 сентября начались обстрелы каждого крупного корабля из тяжелых орудий, с 16-го - атаки авиации.
С 29 сентября массовые налеты на Кронштадт прекратились.
В связи с приближением зимы и новыми задачами, командование фронта и флота провело перегруппировку сил.